De Doopsgezinde Gemeente Gouda (heropgericht in 1966) werkt intensief samen met de Remontrants-Gereformeerde Gemeente Gouda en de VVP afdeling Gouda in een in 1974 opgerichte samenwerkingsgemeente onder de naam (afgekort): Federatie Gouda. De Federatie heeft geen eigen kerkgebouw, wel een eigen predikant.
Als kerkgebouw wordt de St. Joostkapel, een rijksmonument, gebruikt op basis van een langjarig huurcontract. Tot recent was het huurcontract met de eigenaar de Evangelisch Lutherse gemeente, maar nu deze in 2021 opgegaan is in PKN Gouda is het eigendom overgegaan op de laatste. De Federatie gebruikt de kapel elke twee weken voor de eigen kerkdienst, en dat is nog steeds in afwisseling met de andere dienst van lutherse signatuur op de andere zondag. De Federatie prijst zich gelukkig haar diensten (en veel van haar andere activiteiten) te kunnen houden in de St. Joostkapel. Het is een oud en sfeervol gebouw, midden in Gouda gelegen aan de Lage Gouwe 134, met een zodanig intiem karakter dat de zondagse kerkdienst voor velen een zinvolle beleving kan worden. Er hangt “een wolk van gebeden van eeuwen”. Afspraken over onderhoud (ook van het orgel) en gebruik worden in goed overleg met PKN Gouda uitgevoerd. Vooralsnog zijn er geen redenen tot zorgen daarover, al zijn er wel wensen tot renovatie van vooral de bijbehorende Lutherzaal. Het gebouw wordt door de eigenaar elk jaar opengesteld voor Open Monumentendag.
De middeleeuwse St. Joostkapel, met thans 130 zitplaatsen, is gebouwd omstreeks 1422-1429 als onderdeel van het gasthuis van het zakkendragersgilde. In 1572 kwam de kapel in bezit van de stad Gouda en werd tot 1682 gebruikt als turfschuur en opslagplaats van brandemmers. In dat jaar kocht de Lutherse gemeente de kapel. Direct volgde een langdurig restauratie. Er kan worden gesproken van een herbouwde kerk. In de jaren 1762, 1790, 1806, 1838 en 1869 werd het kerkgebouw gerestaureerd. Tijdens de restauratie van 1838 zijn de vensters vergroot en zijn de gebrandschilderde ramen verkocht. Tijdens de restauratie van 1869 is de toren afgebroken omdat de straat voor de kerk werd verlaagd om plaats te maken voor een beweegbare brug over de Gouwe. De meest omvangrijke restauratie is die van 1957. De kerk werd nagenoeg geheel afgebroken en opnieuw opgebouwd. Aan de voorgevel toont een blind raam de plaats van de vroegere kerktoren. De nieuwe voorgevel werd bekroond met een uitspringend torentje.
De kapel bevat op het balcon een orgel met twee manualen en pedaal, gebouwd door Maarschalkerweerd in 1899, later gewijzigd door Slooff. Verder onder meer een schilderij uit 1642 van Jan Adriaans Duif (1617-1649), leerling van Wouter Crabeth. Jan Duif was Gouds portretschilder. Het schilderij stelt de eerste lutherse predikant Clemens Bijleveld voor als de Pastor Bonus – Goede Herder. Er zijn een kansel met rijk Lodewijk XIV-snijwerk op het klankbord, gesneden gezangborden uit 1745, met als beeldsnijder Wilhelm van Dauw, gesneden engelen, behorend bij het orgel. 1745, twee koperen lezenaars, een koperen kroon en doophekken.
Wat de specifieke historie van de kerkelijke huisvesting van doopsgezinden in Gouda betreft nog het volgende. De doopsgezinden waren met zekerheid vóór 1600 in Gouda aanwezig. In 1624 wist de gereformeerde kerkenraad te melden dat deze mennonieten sterk in aantal toenamen en bezig waren een woonhuis, genaamd ‘Den Dreckwaghen’, te verbouwen tot kerk of zoals het heet in dopers jargon — een vermaning. Er zijn geen aanwijzingen dat het door de gereformeerden gevraagde ingrijpen door justitie heeft plaatsgevonden.
De gematigde doopsgezinde richting van de Waterlanders, die zich keerde tegen een strenge banpraktijk, was in Gouda het sterkst vertegenwoordigd. De Waterlanders hadden in 1636 een eigen gemeente en in 1643 kerkten zij op het Verbrande Erf aan de Groeneweg. In 1656 werd deze plek verruild voor een schuilkerk aan de Turfmarkt. Tien jaar later werd ook gewag gemaakt van de kort tevoren verenigde Vlaamse, Friese en Hoogduitse doopsgezinden, doch rond 1700 was het kerkgebouw van deze strengere richting aan de Koestraat verdwenen door samengaan met de Waterlanders.
Na het vertrek van de laatste predikant in 1770 was de gemeente te klein om een nieuwe te benoemen. In 1798 waren er zelfs nog maar tien leden en werd het gebouw verkocht (voor 800 gulden) aan de Joodse Gemeente. In 1823 richtte deze laatste gemeente een verzoek aan Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland het oude gebouw te mogen afbreken ten gunste van nieuwbouw, die in 1827 was voltooid. Dit gebouw is na de Tweede Wereldoorlog in handen gekomen van de Vrije Evangelische Gemeente.
Jan de Voogd, voorzitter